Estonian Air lentää Tallinnasta Helsinkiin jopa kahdesti päivässä. Yhteydet Helsinkiin on luotu niin, että matkustajat pystyvät luontevasti käyttämään mm. Blue1:n yhteyksiä Ouluun ja Vaasaan. Tallinnaan päin lennettäessä matkustajille tarjotaan yhteyksiä eteläiseen ja itäiseen Eurooppaan, mm. esim. kesäliikennekaudella Kroatian Dubrovnikiin. Estonian Airilla on yhteensä 22 kohdetta.

Estonian Air on osa SAS-konsernia ja se on mukana mm. SAS:n Eurobonus-kanta-asiakasohjelmassa.